前21世纪，禹划天下为九州，兖州为其一。今兖州区古称瑕丘、嵫阳，在历史变迁中相继为郡、州、府所在地，是一方政治、经济、文化、军事中心。素有“端信、尚贤、兼容、乐善”的优良人文传统。
三国时，兖州区域属魏国。曹操领冀州牧后，为扩大势力范围，缩小其他州区并入冀州，兖州辖区未动，仍辖八个郡国。据《三国疆域志》载，兖州初治昌邑（今山东金乡县），后移治廪丘（今山东鄄城县东北）。
南朝刘宋初年，武帝刘裕平河南，又设兖州于滑台（今河南滑县），时称西兖州。
宋朝大中祥符元年（1008年），兖州升为大都督府，政和八年（1118年）改为袭庆府，治瑕县，隶属山东东路，瑕县（今兖州市）隶属之。金朝初置泰宁军，治嵫阳。
元朝设兖州，治嵫阳；至元十六年（1279年）隶济宁路，辖嵫阳、曲阜、泗水、宁阳四县。明代，“嵫阳”改称“滋阳”。清朝因之。
民国初废府存县。1958年并入曲阜，新曲阜县城设于兖州城；1961年重设，改称兖州县，隶属济宁；1992年3月1日设立县级兖州市；2013年10月18日，撤市设兖州区。
根据第七次全国人口普查数据，截至2020年11月1日零时，兖州区常住人口为540662人。
兖州区气候温和，四季分明，季风影响显著，冬冷，夏闷热。最冷（1月）平均气温−1.3℃，最热（7月）平均气温26.8℃，年平均气温13.6℃。
兖州区下辖6个街道办事处、6个镇：
鼓楼街道、龙桥街道、酒仙桥街道、兴隆庄街道、大安镇、新驿镇、颜店镇、新兖镇、漕河镇、小孟镇、王因街道和黄屯街道。
日兰高速、济微高速（济宁新机场高速）在此交汇。
兖州位于京沪铁路、新兖铁路、兖石铁路的交汇处，兖州火车站是鲁西南重要的铁路枢纽。
日兰高速铁路在兖州设济宁东站（原名兖州南站）。
济宁大安机场：位于中国山东省济宁市兖州区的一座4C级民用机场，于2023年12月28日通航。
地下有丰富的煤炭资源，近期又在该区西部发现了大型赤铁矿，地下水资源丰富且没有大规模开发。土地肥沃，农业产业化。
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