1、授权与批准。建立银行存款的内部控制制度，首先就要确立授权与批准的制度，即银行存款收付业务的发生，需要经单位主管人员或财务主管人员审批，并授权具体的人员经办，审批一般以签字盖章方式表示。该过程保证了银行存款的收支业务要在授权下进行。
2、职责区分、内部牵制。该程序体现钱账分管，内部控制原则，具体包括：
(1)银行存款收付业务授权与经办相分离。
(2)银行存款收付业务经办与审查相分离。
(3)银行存款收付业务经办与记账相分离。
(4)银行存款票据保管与银行存款记账人员相分离。
(5)银行存款票据保管与印章保管相分离。
(6)银行存款日记账和总账的登记相分离。
(7)银行存款登账与审核相分离。
(8)银行存款收付款凭证保管与银行存款日记账登账相分离。
3、记录与审核。出纳人员复核了银行存款收付业务的原始凭证后，应及时填制或取得结算凭证，办理银行的结算业务，并对结算凭证和原始凭证加盖“收讫”或“付讫”戳记，表示该凭证的款项已实际收入或付出。会计人员根据会计主管审核无误的银行存款收付原始凭证编制银行存款收款凭证、付款凭证。原始凭证、收款凭证、付款凭证须经会计主管或授权稽核人员就其内容合法性、合理性、真实性逐一审核后，并签字盖章才可据以登记入账。
4、文件管理。为了保证已发生经济业务安全完整，对收、付款凭证可以采取混合连续编号，也可以采取分类连续编号；同时对票据由专人负责保管；票据和结算业务发生时，须经财会部门主管人员或企业主管人员并要求经办人签字。
5、核对。出纳人员定期编制“银行存款余额调节表”，交由会计主管人员检查，同时定期进行账账核对，以保证银行存款安全。
