基本案情：
1.甲公司实收资本1000万元，其中：张先生出资600万元，占60%股权；李先生出资400万元，占40%股权。
2.甲公司持有A房地产开发公司（以下称A公司）80%股权；持有B水电公司90%股权；持有C医药公司100%的股权。甲公司持有A公司80%股权估值4500万元。
3.乙集团股份有限公司（以下称乙公司）实收资本8500万元，乙公司100%股权估值25500万元。
4.乙公司持有丙房地产控股公司（以下称丙公司）100%股权；持有丁矿业投资公司（以下称丁公司）100%的股权。
经甲公司及其股东、乙公司及其股东、丙公司共同协商达成股权置换协议：张先生、李先生用间接持有A公司80%的股权，等值置换乙公司15%[4500/（4500+25500）]的股权，即，丙公司收购A公司80%的股权，张先生、李先生分别取得乙公司9%、6%的股权，乙公司分别确认张先生股本900万元（8500/85%×15%×60%）、李先生股本600万元（8500/85%×15%×40%）。
其他资料：
（1）甲公司持有A公司80%股权的计税成本为3000万元。
（2）A公司和乙公司的股权估值均以2014年12月31日为基准日的评估数确定。
（3）2014年12月31日，甲公司欠股东借款10000万元，其中向张先生借款6000万元；向李先生借款4000万元。
（4）B公司、C公司、丙公司、丁公司业绩稳定，前景看好，张先生、李先生准备长期持有甲公司、乙公司股权，以获得稳定的投资回报。
问题焦点
1.工商问题
为办理股权过户登记，甲、乙、丙、A四家公司分别向主管工商部门咨询，答复口径一致，内容如下：由于是丙公司收购甲公司持有A公司80%的股权，因此，对价只能由丙公司支付，而不能由乙公司支付，而且丙公司只能将对价支付给甲公司，而不能直接支付给张先生、李先生。结论是：该项股权置换协议不具有合同性质，工商部门无法办理股权变更登记。
2.税务问题
为防范纳税风险，甲、乙、丙、A四家公司分别向主管税务机关了解本次股权置换交易相关法律主体的税收义务，税务部门回复口径不一，有以下几种观点：
观点一：该重组实质不是张先生、李先生转让甲公司股权，而是甲公司向丙公司转让其持有A公司80%的股权，甲公司应确认股权转让所得=4500-3000=1500万元；丙公司取得A公司80%股权的计税成本为4500万元。张先生、李先生不征个人所得税。张先生、李先生取得乙公司9%、6%股权的计税成本分别为2700万元（4500×60%）、1800万元（4500×40%）。
观点二：该重组实质不是甲公司转让A公司股权，而是张先生、李先生转让其持有的甲公司部分股权，应首先按照“财产转让所得”计征个人所得税，因甲公司股本不变，故允许扣除的成本为零，张先生应纳个人所得税=（4500×60%-0）×20%=540万元；李先生应纳个人所得税=（4500×40%-0）×20%=360万元。张先生、李先生缴纳个人所得税后，持有乙公司股权的计税成本分别为2700万元、1800万元。丙公司持有A公司80%股权的计税成本为4500万元。
观点三：该重组实质不是甲公司转让A公司股权，应是张先生、李先生转让了A公司80%的股权，丙公司持有A公司80%股权的计税成本为4500万元。张先生、李先生按“财产转让所得”征收个人所得税，允许扣除的计税成本按照甲公司持有A公司80%股权计税成本3000万元，依据甲公司股权比例进行分配，张先生应纳个人所得税=（4500-3000）×60%×20%=180万元；李先生应纳个人所得税=（4500-3000）×40%×20%=120万元。张先生、李先生缴纳个人所得税后，持有乙公司股权的计税成本分别为2700万元、1800万元。
观点四：甲公司、张先生、李先生均未发生股权转让业务，不征所得税，相应地，丙公司取得A公司80%股权的计税成本为零，张先生、李先生因取得乙公司股权未支付对价，故投资计税成本亦为零。
鉴于税务机关内部理解不一，加之工商部门回复不予办理股东变更登记，股权置换交易一时无法推进。企业“一头雾水”：股权置换协议既然是按公允价等值交换，并且是双方真实意思的表示，为什么不具有合同性质？难道置换协议不受法律保护吗？工商变更登记办不了，难道税法也无据可依？
案例分析
合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。上述股权置换协议中相关法律主体的权利、义务关系不明确，表现在：
（1）甲、乙、丙、张先生、李先生均为独立的法律主体，甲公司履行了义务（将持有A公司80%的股权过户给丙公司）却没有享受到权利（未取得对价）；
（2）丙公司享受了权利（取得了A公司80%股权）却没有履行义务（未支付对价）；
（3）张先生、李先生享受了权利（取得乙公司15%的股权）却没有履行义务（未支付对价）；
（4）乙公司履行了义务（以自身15%的股权支付给张先生、李先生）却没有享受到权利（未直接取得资产）。
从会计处理的角度也可以看出法律主体的权利、义务关系不明确，丙公司有“借”无“贷”，甲公司有“贷”无“借”。问题在哪呢？尽管该项协议是参与签署方真实意思的表示，受到法律保护，但因其权利、义务关系不明确，故不具有合同性质。实务中，这类协议统称为合作框架协议（也称合作意向书或合作备忘录）。对于合作框架协议，需要以相关法律主体的权利、义务为基础，以现行相关的法律、法规为依据，研究设计相关法律主体的交易结构，然后分步实施。
根据我国合同法、公司法等法律规定，经济交易的法律形式（以下称经济交易工具）有五种：资产转让、提供劳务、财产租赁、资金借贷、权利许可。资产重组的法律形式（以下称资产重组工具）有七种：注册登记、增资扩股、股东减资、公司合并、公司分立、股权转让、企业清算。
资产重组是指依据企业的拥有者、企业或企业外部的经济主体之间达成的契约，综合运用资产重组工具和经济交易工具对企业集团的组织架构、公司的股权结构、经营业务及相关资产的权属进行重新组合，以期达到公司运营效率*5化，投资资产价值*5化的经济行为。
以资产重组的操作程序来划分，可分为单一重组和多步重组。单一重组是指直接采用一种资产重组工具就可以一步到位的重组方式。多步重组是指在不能直接运用重组工具一步到位的情况下，必须通过设计资产重组方案分步实施的重组方式。本案例必须通过多步重组，分步实施。
方案设计
分步重组方案的设计一般按三个步骤进行。首先，针对重组前和重组后参与重组的公司股权结构绘制图表；其次，研究从重组前过渡到重组后有哪些路径；第三，通过方案比较，从若干个设计方案中选择*3方案。选择资产重组方案应遵循四项原则：操作程序以简化为原则、税收成本以最低为原则、动用现金以最少为原则、法律风险以最小为原则。
依据上述原则，经过充分讨论研究，最终确定了以下两个备选方案。
方案一：
第1步：甲公司分立为甲1公司和甲2公司，甲1公司为存续公司，甲1公司持有B公司90%股权，持有C公司100%股权；甲2为新设公司，甲2公司持有A公司80%股权。
第2步：乙公司吸收合并甲2公司。合并后，甲2公司注销，张先生、李先生分别持有乙公司9%、6%的股权，乙公司持有A公司80%的股权。
第3步：乙公司将A公司80%的股权转让给丙公司或者对丙公司增资扩股。
方案二：
第1步：甲公司将A公司80%的股权转让给丙公司，转让价4500万元，丙公司以现金方式支付给甲公司。
第2步：甲公司分别向张先生、李先生偿还债务2700万元、1800万元。
第3步：张先生与其财产共有人以现金2700万元出资成立投资公司（以下称张氏投资公司），李先生与其财产共有人以现金1800万元出资成立投资公司（以下称李氏投资公司）。
第4步：张氏投资公司、李氏投资公司分别以2700万元、1800万元对乙公司增资，增资后分别持有乙公司9%、6%的股权。
第5步：张先生、李先生分别将持有甲公司60%、40%的股权以公允价格转让给张氏投资公司、李氏投资公司。
方案比较：
鉴于现行税法对合并、分立业务的特殊重组均是针对居民企业而未涉及自然人股东，方案一适用特殊重组存在争议，而且公司合并、分立程序复杂，重组时间较长。若合并、分立均适用特殊重组税务处理，乙公司将A公司80%的股权转让给丙公司仍然需要缴纳企业所得税。若是乙公司将A公司80%的股权用于对丙公司增资时，可适用《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）文件中股权收购特殊重组税务处理办法，但丙公司取得A公司80%股权的计税成本只能按3000万元确定，乙公司也可适用《财政部、国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》（财税[2014]116号）规定，按五年平均确认资产转让所得，丙公司取得A公司80%股权的计税成本按4500万元确定。张先生、李先生未来从甲公司、乙公司取得的股息红利所得，需按照“利息、股息、红利所得”缴纳个人所得税。
方案二，甲公司将A公司80%的股权转让给丙公司，需确认资产转让所得1500万元，不考虑弥补亏损等纳税调整因素，甲公司就该项所得需缴纳企业所得税375万元（1500×25%），张先生、李先生将甲公司股权转让给张氏投资公司、李氏投资公司需按“财产转让所得”缴纳个人所得税，但张氏投资公司、李氏投资公司未来从甲公司、乙公司取得的股息红利所得，可享受免征企业所得税优惠。除非张先生、李先生个人有现金分配需求，否则张先生、李先生是不用缴纳股息红利所得个人所得税的。
相对于方案一而言，方案二既解决了甲、乙全体股东达成的意向，又解决了张先生、李先生未来的个人所得税问题，而且操作程序简单，综合资产重组方案设计四原则，重组各方决定采用方案二。
