针对国际货运代理在《财政部国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号）中遇到的“营改增”问题，
《关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号，以下简称“106号文”）出台了差额征税和免税的规定。106号文附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》中规定：试点纳税人中的一般纳税人提供国际货物运输代理服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除支付给国际运输企业的国际运输费用后的余额为销售额。而且，该条款还对国际货运代理进行了严格的定义：国际货物运输代理服务，是指接受货物收货人或其代理人、发货人或其代理人、运输工具所有人、运输工具承租人或运输工具经营人的委托，以委托人的名义或者以自己的名义，在不直接提供货物运输服务的情况下，直接为委托人办理货物的国际运输、从事国际运输的运输工具进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续的业务活动。同时，附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》中又规定：试点纳税人提供的国际货物运输代理服务免税，即：
1.试点纳税人提供国际货物运输代理服务，向委托方收取的全部国际货物运输代理服务收入，以及向国际运输承运人支付的国际运输费用，必须通过金融机构进行结算。
2.试点纳税人为大陆与香港、澳门、台湾地区之间的货物运输提供的货物运输代理服务参照国际货物运输代理服务有关规定执行。
3.委托方索取发票的，试点纳税人应当就国际货物运输代理服务收入向委托方全额开具增值税普通发票。
4.本规定自2013年8月1日起执行。2013年8月1日至本规定发布之日前，已开具增值税专用发票的，应将专用发票追回后方可适用本规定。
在执行106号文对于国际货运代理增值税的差额征税或免税政策时，要注意一个特殊的地方，即106号文对于国际货物运输代理业务是有明确的定义的，这是一个重要的事项。也就是说，不是大家在日常生活中所称的国际货物运输代理服务都可以享受差额征税或免税政策，只有符合106号文定义的“国际货物运输代理”才可以享受该文的政策。因此，要重新审视一下106号文对“国际货物运输代理”的定义：
国际货物运输代理服务，是指接受货物收货人或其代理人、发货人或其代理人、运输工具所有人、运输工具承租人或运输工具经营人的委托，以委托人的名义或者以自己的名义，在不直接提供货物运输服务的情况下，直接为委托人办理货物的国际运输、从事国际运输的运输工具进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续的业务活动。
这里，符合106号文从事国际货物运输代理服务的企业，必须是直接而非间接为委托人办理货物的国际运输、从事国际运输的运输工具进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续的业务。
从这里的定义就可以看出，106号文所定义的符合条件的国际货物运输代理服务只能是从事“一代”的企业，从而“二代”的企业是不能享受106号文差额征税或免税的政策的。因为对于从事“二代”的企业而言，他的确是接受的发货方或收货方的委托，但是其又是通过另一家国际货运代理公司间接为委托人办理货物的国际运输服务的，不符合106号文对国际货物运输代理服务的定义，也就无法享受差额征税和免税的政策。
*9种情况：
基于这个问题，我们首先可以看简单的情况，就是客户直接找“一代”的企业从事国际货物运输：
生产企业出口货物委托某A国际货代企业帮助运输，2014年1月其承接国际货代业务取得不含税收入100万元，其直接与香港船运公司签订合同，委托其将一批货物从上海运到香港，运输业务完成后通过金融机构支付80万元海运费，同时支付海关等政府性基金5万元，取得港口码头费的增值税专用发票上注明的增值税额为0.5万元。
这种情况比较简单。该企业从事“一代”，符合106号文的规定，同时也符合免税的规定。因此，该企业应该享受享受免税的待遇。
差额征税：100-80-5=15该部分增值税销售额享受免税政策
由于享受免税政策，取得的港口码头费的增值税专用发票上注明的增值税额0.5万元应做进项税转出。
第二种情况：
如果这里是“二代”，比如B国际货运代理企业承接了某项国际货运代理业务，不含税价格为110万，其将该业务又进一步委托给A国际货代企业帮助运输，2014年1月其承接国际货代业务取得不含税收入100万元，其直接与香港船运公司签订合同，委托其将一批货物从上海运到香港，运输业务完成后通过金融机构支付80万元海运费，同时支付海关等政府性基金5万元，取得港口码头费的增值税专用发票上注明的增值税额为0.5万元。
在该业务模式下，B国际货运代理公司由于不是直接为委托人办理货物的国际运输，不符合106号文的“国际货物运输代理服务”的定义，因此，他既不能享受差额征税政策，也不能享受免税政策。最多只能按货代企业享受“试点纳税人提供知识产权代理服务、货物运输代理服务和代理报关服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额，且向委托方收取的政府性基金或者行政事业性收费，不得开具增值税专用发票”的政策。
此时，A企业就出于两难的境地了。如果A此时享受免税政策，他只能给B公司开具普通发票，增值税抵扣链条因为免税断裂了。此时，B公司需要按110万向生产企业开具货运代理发票，由于无法享受差额征税政策，必须按110万乘以6%的税率缴纳增值税。同时，由于生产企业的运输费用无法享受“免、抵、退”，这个增值税B公司也无法向生产企业转嫁。因此，这种情况下，A公司享受免税政策，下一道代理企业就非常麻烦了。
如果此时A不选择享受免税政策，宣布放弃免税政策，转而享受增值税差额征税政策，按照106号文应按如下方法处理：
差额征收：100-85-5=15万15万作为应税收入应缴纳增值税=15*6%-0.5=0.4万
现在核心的问题在于差额征税如何开票了，这里税务机关可能有两种理解方式：
*9种理解方式：A公司虽然享受差额征税政策，但仍按照95万给B公司开具增值税专用发票（其中5万是政府性基金），5万开具普通发票。
这种情况下，B公司对下游企业应按照105万开具增值税专用发票，5万开具普通发票。由于其取得了A公司给其开具的95万增值税专用发票，其实际只要缴纳0.6万的增值税（政府性基金可以从销售额中扣除并开普票）。
第二种理解方式：A公司由于扣除了国际运费后差额征税，国际运输享受的是0%税率。因此，A公司只能按照10万向B企业开具增值税专用发票，90万（85万运费和5万海关基金）应开具普通发票。
这种情况下，B公司对下游公司仍应按照105万开具增值税专用发票，5万开具普通发票，但此时，由于只取得对方开具的10万增值税专用发票，应缴纳增值税5.7万元，增值税税负相比*9种情况增加了9倍以上。
这里，就是就全额开具增值税专用发票还是差额开具增值税专用发票呢？从106号文的规定来看，第6条没有想第5条那样，专门写了一句规定“委托方收取的政府性基金或者行政事业性收费，不得开具增值税专用发票”。既然没有规定，也就是说A企业可以差额征税，并全额开具增值税专用发票。
从对下一道货代企业合理性的角度来看，*9种理解方式应该是更加符合实际一点。同时，第二种理解中大家主要担心的问题就是，国际货物运输由于实行的是零税率，我如果让A企业差额征税了，又全额开具发票给A，会不会导致这部分增值税的“空转”的抵扣，导致国家税款的流失。不过，这个问题在国际货物代理中还好。因为，虽然B公司全额向出口企业开具了105万的增值税专用发票，但出口企业由于是按FOB价出口退税，运费是不能享受退税和抵扣的。因此，这里即使A就零税率的运费全额开入增值税专用发票，也没有导致国家增值税税款流失。同时，只有这种方式，才保证了“二代”增值税待遇也更加合理。
但是，这里还有一个可能比较棘手的问题就是，对于从事“一代”的企业而言，其不能既直接从客户手中承接业务，又从“二代”手中承接业务。如果这样，“一代”企业可能只能选择完全放弃免税待遇。因为同一个纳税人要么申请享受免税待遇，要么放弃享受，且已经选择36个月不得变更。因此，外国船东根据106号文可能需要在中国设立两个船代公司，一个专门符合直接承接客户业务，一个直接专门承接“二代”业务。此时，一个享受免税，一个不享受免税，以便更好应对106号文对国际货代的“营改增”问题。
