在税务筹划中，似乎人们更注重显性成本而忽略隐性成本。殊不知，在决策时，隐性成本与显性成本一样重要。因此，税务筹划时不能只考虑显性成本，而忽略了其他没有货币支出的要素投入——隐性成本。 所谓隐性成本指的是纳税人由于采用拟订的税务筹划方案而放弃的潜在利益，主要体现为机会成本和非税成本。 由于非税成本一般难以量化，所以在税务筹划中容易被忽略，造成税务筹划策略的有效性大大降低。一般情况下，税收筹划的隐性成本主要有以下几种。
1、机会成本。
纳税人采用拟定的税务筹划方案而放弃的利益，就是机会成本。 税务筹划过程是一个决策过程，即在众多方案中选择某个可行且税负较低的方案，但选定一个方案必然要舍弃其他方案。同时，税务筹划对企业经营方式、销售方式、财务管理方式的要求会限制企业在此类方式上的选择，这可能会对企业生产、销售、现金流等产生影响。
在选择具有税务优势方案的同时，可能会牺牲另一方案的非税优势。对于具有税务优势的筹划方案来说，因此而牺牲的非税优势就是此项筹划的非税成本，即机会成本。
2、代理成本。
在税务筹划中，为了降低税负所选定的方案，在执行过程中同样不可避免地会产生代理成本。 不论税务筹划的方案多么周密、多么精妙，都不能摆脱道德风险和逆向选择的负面影响。
代理成本的存在使很多筹划方案的非税成本被放大，资产重组的税务筹划就是典型的例子。在企业重组中，企业如果采用分立策略，一个企业被分为几个企业，则管理机构增加、管理人员增加、企业间的组织协调费用增加，更重要的是管理人员道德风险的存在，增加了企业的监督成本和潜在的损失，全部或部分抵免了税务筹划带来的收益，更有甚者会使产生成本大于收益。同样，在合并过程中，兼并方并不十分了解被兼并方的资产质量状况，可能造成其支付的价格超过被兼并资产的价值。
3、交易成本。
交易成本是非税成本中的重要因素，包括信息搜集成本、谈判成本、缔约成本、监督成本、强制履约的成本及可能发生的违约成本等。在税务筹划中，涉及产权交易的方案比比皆是。例如通过收购外国公司进行税务筹划时，为了避免逆向选择带来的损失，也需搜集被收购公司的相关信息。这同样会产生谈判费用、协议签订费用、履约费用等。另外，利用资产交易进行的所得税筹划、利用工程承包进行的营业税筹划、利用委托加工进行的消费税筹划等都涉及市场环境下的产权交易和契约的签署。因此，交易成本在税务筹划中难以避免。
4、财务报告成本。
虽然在现阶段我国股市作为经济晴雨表的效果并不理想，但在股票投资者渐趋理性的今天，财务报告的结果对股票价格的影响越来越大。低利润不但会导致股票价格的下降，还会影响企业在股票市场上的再融资能力。企业通过跨期转移收入、后进先出法等会计政策选择达到减少税前利润、降低税负的目的，但同时也造成企业经营的效率降低、与客户的关系恶化和额外的存货持有成本等可计量以及不可计量的损失。
由此可见，税务筹划带来的财务报告成本可能对企业产生深远的负面影响。
5、沉没成本和违规成本。
企业税务筹划方案在执行过程中因为无法预料的原因导致失败的事件并不罕见。伴随着筹划的失败，最初的资金投入也就变为沉没成本，成为无法弥补的损失。另外，随着税务筹划方式的增多，税收规则也在不断完善，这是一个博弈的过程。
税务筹划的实施带来很多显性成本和隐性成本，而成本和税务筹划收益的对比直接导致了筹划的成功与否。企业在筹划时，需认真进行成本效益分析，判断经济上是否可行、必要，能否给企业带来纯经济效益的增加。
