延长增值税抵扣链条，是此次“营改增”的一个重要目的。不少行业也确实受益于这项政策，但实际运行中也有一些问题。
比如，现代服务业、交通运输业等行业与传统意义上的制造业企业不同，上下游增值税链条的完整性较低。以劳务和智力劳动为主的这些企业，短期内很可能无法取得增值部分的抵扣发票。即使像邮电业这样具有生产服务特征和大量设备购置的门类，由于一些设备已经购买或更新，三五年内，因实行增值税进行抵扣而获得的税收优惠也不会太多。相反，由于线路、机房维护和营业所需水电支出等成本消耗没有增值税进项发票，增值税具有的抵扣优势难以完全发挥。再比如，融资租赁还存在着租赁物所有者与承租人之间复杂的增值税发票问题。承租人税负增加，将阻碍该行业的发展。可以说，这些细节都需要在实际工作与未来政策制定中引起重视。
延长增值税抵扣链条，更应配套增值税征收管理办法的改进。近两年来，“营改增”的快速推进背后是增值税征收管理工作大步前进。“营改增”使得更多的一般纳税人和小规模纳税人开始直接面对税务机关。较之营业税，增值税征管模式显得复杂。这对纳税服务流程的优化提出了更高要求。相关工作的调整直接关系到征收管理效率的改善，乃至“营改增”的成功与否。针对企业劳务成本难以抵扣的问题，租赁物集中在所有者手中承租人无法抵扣的问题，以及邮电业生产成本没有增值税发票的问题，后续的政策安排及管理办法应设法应对。基本原则应遵循两个方面：其一，尽可能不增加纳税成本和税务征管成本;其二，创造条件让分享增值税抵扣成为可能。
