免征增值税的收入，大部分情况下是不征收水利基金的。
贵地是否免征水利基金的征收管理办法制定，归各省市财政厅（局）:82/zuixintongzhi/2013-01-05/202.gov、地方税务局.tzcs.gov.cn，要看当地《水利建设基金征收和减免管理办法》
例：《浙江省地方水利建设基金征收和减免管理办法》
拓展资料：
水利基金是用于水利建设的专项资金，由中央水利建设基金和地方水利建设基金组成。中央水利建设基金主要用于关系国民经济和社会发展全局的大江大河重点工程的维护和建设。地方水利建设基金主要用于城市防洪及中小河流、湖泊的治理、维护和建设。跨流域、跨省(自治区、直辖市)的重大水利建设工程和跨国河流、国界河流我方重点防护工程的治理费用由中央和地方共同负担。
管理暂行办法：
第一条 为加快水利建设步伐，提高大江大河防洪抗旱能力，改变重点水利工程设施和江河防洪体系建设滞后的状况，缓解水资源供需矛盾，促进社会经济持续、快速、健康发展，根据国务院建立水利建设基金的决定，制定本办法。
第三条 中央水利建设基金的来源：
(一)从中央有关部门收取的政府性基金(收费、附加)中提取3%。应提取水利建设基金的中央政府性基金(收费、附加)项目包括：车辆购置附加费、港口建设费、铁路建设基金、市话初装费、邮电附加、中央分成的电力建设基金。
(二)经国务院批准的其他可用于水利建设基金的资金。
第四条 地方水利建设基金的来源：
(一)从地方收取的政府性基金(收费、附加)中提取3%。应提取水利建设基金的地方政府性基金(收费、附加)项目包括：养路费、公路建设基金、车辆通行费、公路运输管理费、地方交通及公安部门的驾驶员培训费、地方分成的电力建设基金、市场管理费、个体工商业管理费、征地管理费、市政设施配套费。
(二)有重点防洪任务的城市要从征收的城市维护建设税中划出不少于15%的资金 ，用于城市防洪建设。具体比例由省、自治区、直辖市人民政府确定。 有重点防洪任务的城市包括：北京、天津、沈阳、盘锦、长春、吉林、哈尔滨、齐齐哈尔、佳木斯、郑州、开封、济南、合肥、芜湖、安庆、淮南、蚌埠、上海、南京、武汉、黄石、荆州、南昌、九江、长沙、岳阳、成都、广州、南宁、梧州、柳州市，以及省、自治区、直辖市人民政府确定的有重点防洪任务的城市。
(三)经省、自治区、直辖市人民政府批准征收的用于水利工程和防洪设施建设的各项基金(资金、附加、收费)，统一纳入地方水利建设基金。
第五条 中央水利建设基金的划转办法由财政部会同国家计委、水利部另行制定。地方水利建设基金的划转办法，由省、自治区、直辖市人民政府参照中央水利建设基金划转办法，根据各地实际情况制定。
第六条 水利建设基金首先要用于现有的水利工程建设，具体使用范围：
(一)中央水利建设基金专项用于：大江大河重点治理工程维护和建设；大江大河防汛抗洪设施维护和水毁工程修复；大江大河的清淤除障及流域内蓄滞洪区安全建设；全国性防汛抗旱通讯和信息系统维护和建设；其他经国务院批准的全局性水利工程。
(二)地方水利建设基金专项用于：地方重点水利工程建设项目；地方中小河流、湖泊的治理；地方重点水土流失防治工程建设；重点防洪城市的防洪设施建设；地方水利工程维护；其他经省级人民政府批准的水利工程项目。
第七条 水利建设基金属于政府性基金，按照《国务院关于加强预算外资金管理的决定》(国发〔1996〕29号)的规定，纳入财政预算管理，专项列收列支。每年年初分别由中央和省级水利部门根据水利建设规划，向同级财政部门报送年度基金使用计划，经同级财政部门审核后拨付资金。其中，用于现有水利工程基本建设的水利建设基金，要分别纳入中央和地方基本建设投资计划。水利建设基金实行专款专用，年终结余可结转下年安排使用。
第八条 财政部门要建立健全水利建设基金的收支核算和日常管理制度；计划部门要对水利基本建设项目进行严格审查。年终，中央和地方水利部门应按财政隶属关系，分别编制水利建设基金收支决算报表；属于基本建设的支出，还应按规定编制基本建设财务决算，报同级财政部门审批。
第九条 任何部门和单位不得任意提高水利建设基金的征收标准，不得扩大使用范围，不得截留、挤占或挪用。各级财政、计划、审计部门要加强对水利建设基金的监督检查，违者要严肃处理。
第十条 本办法自1997年1月1日起实行，到2010年12月31日止。
第十一条 各省、自治区、直辖市人民政府根据本办法制定具体实施细则，报财政部、国家计委、水利部备案。
第十二条 本办法由财政部会同国家计委、水利部解释。
计算方法：
按经营收入的千分之一缴纳。
